法人税法上、法人が業務の遂行に関連して為された行為に対して課された罰金等については、損金に計上できないことになっています。

交通違反の反則金もこれに含まれますから、社員等が業務中に起こした交通違反の反則金を会社が支払った場合、その反則金は損金にはできないわけです。

その交通違反が業務以外で起こしたものであれば、会社が支払った反則金は違反を起こした社員や役員の給与になります。
たとえば、社用車を個人的用途に利用していた場合などがこれに当たるわけですが、この場合の給与については、社員に対するものであれば損金算入できますが、役員の場合は損金にはできませんので、さらに注意が必要です。