基本的に、会社が人間ドックや健康診断にかけた費用は福利厚生費で処理できます。ただし、福利厚生費とするためには、以下の要件を満たしておく必要があります。

役員だけを対象にした人間ドックが役員給与とみなされるのは前述の通りですが、この役員給与は会社の必要経費とは認められません。
というのも、この役員給与（経済的利益）は一時的な給与であり、支払時期と支払金額があらかじめ定まっていることが要件の「損金算入できる役員給与」にはあたらないからです。
ついでに言うと、人間ドックの費用は医療費控除も受けられません。税務上、役員だけが受けられる人間ドックに良いことは何一つないのです。